Город был основан в 794 г. как столица императора Камму и назван Хэйан-кё, что значит «столица мира и спокойствия». Город расцветал, став не только политическим, но и культурным центром страны. В конце XV в. Киото пережил гражданскую войну Онин, которая привела к пожарам и разрухе, однако к середине XVI в. Город снова был восстановлен, и вскоре по уровню экономического развития встал в один ряд с Токио и Осакой.
С переносом столицы в Токио в 1869 г. Киото потерял былое политическое и экономическое значение, но остается и до сих пор главным хранилищем японской религии и культуры: здесь расположено около 2000 буддийских и синтоистских храмов.
В Киото особо почитается родившаяся здесь традиция чайной церемонии. Город обладает еще одной особенностью: это единственное место, где сохранились школы майко.