Из-за того, что Япония находится одновременно в субтропической, умеренной и холодной зонах, к тому же изобилует водой, разнообразная растительность покрывает землю. Мангровые заросли можно встретить на побережьях самых южных островов, лежащих в субтропической зоне. На Кюсю, Сикоку и в южной части Хонсю преобладают лиственные леса с почти вечнозелеными дубами и карликовыми каштанами, а в северной части Хонсю — леса умеренной зоны, в которых в изобилии бука и клена. А еще дальше на севере в лесах холодной зоны Хоккайдо преобладают разнообразные хвойные деревья, а также белый бук, береза.
Растительность не только создает прекрасный ландшафт, но и имеет большую коммерческую ценность. Бамбук прочен, гибок, быстро растет и поэтому часто используется в изготовлении мебели, корзин, музыкальных инструментов и других предметов. Кедр используется в деревообрабатывающей промышленности, строительстве жилых зданий.
Животный мир Японии тоже разнообразен, хотя и беднее растительного. Для него характерны некоторые особенности, вызванные прежде всего островной изоляцией. На островах архипелага зимуют многие перелетные птицы, которые прилетают из Сибири, Китая и других соседних с Японией территорий. Среди них — журавли, цапли, гуси.
На центральных островах обитают волки, лисицы, олени, зайцы, белки. Остров Хонсю — самое северное место обитания таких южных видов, как японские макаки, японские черные медведи, исполинские (до 1,2 м) саламандры.
Для южных островов Рюкю характерна тропическая фауна, много обезьян — макак и гиббонов, белок и летучих мышей.
Из пресноводных рыб наиболее распространены карп и карась. В водоемах обитают черепахи, раки, крабы. Очень разнообразен животный мир окружающих Японию морей и Тихого океана: многочисленные виды окуня, лососевых, сельдевых, тресковых, а также тунец, сайра, угорь и многое другое, что просто невозможно перечислить.